九號战船讲述了蒋云飞及其妻子一行人在幽冥船寻找在船上失踪的孩子妙妙，却遭到了幽冥王及其手下的攻击，蒋妻和随行的副官都被残忍杀害，尸体也都被将左将右处理，只有蒋云飞被留了活口。多年后，身手敏捷鬼灵精怪的王大雁在魔船上丢了妹妹，巧遇一直在船上寻子心切的北洋军人蒋云飞，两人联手经过重重追查，得知亲人的失踪与幽冥王有关，遂与幽冥王及其手下展开一连串匪夷所思、惊险无比的海上大战。